地方官吏开始割据：刘武周、薛举、梁师都、李轨等拥兵自重，勾连突厥；时任太原留守的李渊趁机起兵，立代王侑为帝，遥尊炀帝为太上皇。一路长驱直入，半年内必兵临长安。
关中一失，大隋再无根本。东西两京，一困一破，天下人都已明白：大隋，要亡了。各地守将不再勤王，只忙着占地盘、招兵马、割地称王。昔日大隋的官吏、将领、豪强，纷纷撕下忠君的面具，有人降贼，有人自立，有人投靠李渊，只求在乱世里活下去。天下大势，已到了最后的清算时刻。
在这三年中，李玉跟随孙思邈于终南山与各地行医，未曾回过一次长安。和春风楼的家人，全靠书信往来。但这并非普通的家书，而是李玉精心布局的“乱世生存指南”。在信中，他交待张奶奶和娘亲她们，暗中囤积粮食，收购药品，招聘护卫，并绘制诸葛连弩、臂弩等图纸，让那些会技艺的姨夫们（春风楼嫁出的姑娘，其夫家多是长安城里的老实匠人——铁匠、木匠、鞋匠、屠户、酒坊掌柜、粮铺老板）在打造农具、生活用品时，一并秘密打造。为即将到来的乱世，做好最充分的应对准备。
幸好，春风楼和别的青楼不一样，许多从这里出去、嫁了良人的姐姐，日子过得安稳，夫家皆是踏实本分的手艺人，这些人脉，成了乱世里最坚实的依靠。他在信中写道：“粮仓要深藏，药品要密封，护卫要选忠厚之人。弩箭造好后，藏于地窖，切勿外露。待天下大乱，凭此可保一方平安。”
站在终南山巅，望关中烽火。三年光阴，弹指而过。李玉从一个穿越而来的懵懂孩童，成长为一名能在乱世中力挽狂澜的神医。这三年，大隋的江山在战火中摇摇欲坠，繁华落尽。但这三年，李玉的医道却在苦难中淬炼成钢，熠熠生辉。
他明白，医者不仅要医病，更要医世。当天下大乱，秩序崩塌，医术便是最锋利的武器，能救人性命，亦能护一方安宁。