至元十六年秋，四海一统，行省新制遍行天下，内陆官制、民政尽数规整，大元文治根基初立。然忽必烈雄视九州，深知陆战可定中原，水师可镇江海、慑海外、固南疆。
昔日蒙古起于漠北，铁骑冠绝天下，却无水师之利。灭金平夏、横扫北方，皆是陆马争锋；直至南下伐宋，困于江淮天险、阻于长江水域，屡屡止步江岸，寸步难进。
元廷水师之崛起，全赖南宋叛将刘整献策、倾力练军，再结合张弘范、李恒等将帅沙场打磨，收纳南宋沿江水师、改造海船战法，方才练成一支足以碾压南宋舟师的水上雄兵，最终一战崖山，覆灭宋祚、平定南国。
如今宋室已亡、江海无战事，大元坐拥沿江万里水域、东南无垠海疆，旧有水师编制混杂、兵源驳杂、权责混乱、新旧不分、南北割裂，已然不合大一统王朝军政格局。
彼时元军水师构成极为纷乱：
有刘整早年在颍州、邓州编练的北方沿江水师；
有吕文焕城败后收编的荆襄旧宋水师；
有崖山决战收编、吸纳的闽广南宋残余舟师；
有临时征调的江南民船、海商快船改造的辅军船只；
更有随张弘范南下征战、跨海攻坚的远征海师。
各路水师番号杂乱、统属不一、奖惩不同、军备参差、军心各异。北籍水兵骄悍自恃，以南灭宋之功傲视同侪；南籍降卒心存忐忑，终日惶恐不安、怕遭猜忌清算；将帅各自统兵、互不统属，一旦江海生乱、海外有警，势必号令不一、调度失灵。
忽必烈洞若观火，心知战马可歇，水师不可废；战事可停，军制不可乱。若趁太平之时不整肃改制，他日江盗四起、南洋生变、海疆动荡，大元便无可用之水上雄兵。
故而在行省民政改制落定之后，忽必烈即刻下诏，启动大元水师全域整编改制，重塑王朝江海防务体系。
大都紫宸殿，秋日朝会，军政重臣尽数列班。
中书省掌民政，枢密院掌兵马，此番水师改制，由枢密院总领全局。枢密院使、蒙古宿将伯颜领衔奏事，手持水师全域名册、舰船账目、兵源清单，跨步出班，躬身奏报。
“启禀陛下！崖山大捷之后，天下江海风平浪静。目前大元全域水师，合计大小战船四千三百七十二艘，水师士卒八万七千余人，分镇长江、淮河、浙东、闽广、南海五路，兵势冠绝古今！”
“然臣遍查水师建制，弊端极多：各路水师各自为阵、编制混乱、新旧
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